Durante tres años FFLA funcionó como parte del equipo Regional de Implementación RIT-Ecuador para el programa Critical Ecosystem Partnership Fund (CEPF por sus siglas en inglés) para fortalecer las capacidades locales y contribuir a la conservación del Hotspot de Andes Tropicales en Ecuador, Perú, Colombia y Bolivia. FFLA como RIT Ecuador tuvo una estrecha relación con todos los implementadores de CEPF—tanto de pequeñas como grandes donaciones. El Programa trabajó en tres corredores claves en Ecuador: en el corredor Cotacachi-Awa se coordinaron las acciones con Fundación Altrópico, Federación Awa del Ecuador, Centro Awa Pambilar, Conservación Internacional, Fundación Jambatu, PRODECI, Aves y Conservación, USFQ y Flora y Fauna Internacional; en el Corredor Noroccidente de Pichincha se coordinó con Mindo Cloud Forest, Corporacion Microempresarial Yunguilla y CONDESAN; finalmente en el Corredor Condor-Kutuku-Palanda se trabajó con Naturaleza y Cultura Internacional, la UTPL, Fundación Arcoiris, y ECOPAR. A nivel de país y región se trabajó con dos organizaciones ecuatorianas—la Fundación Ecociencia—que lideró la actualización de las KBAs en Ecuador, ejercicio clave para el nuevo documento de Perfil del Ecosistema, y por otro lado—la empresa Soluciones Ambientales BYOS—que apoyó al fortalecimiento de capacidades a nivel regional de todas las organizaciones beneficiarias de CEPF.
Al cierre del programa en febrero de 2021, todas las donaciones tanto grandes como pequeñas cumplieron exitosamente con sus objetivos propuestos. Esto significó una mejor gestión de más de 700,000 ha de áreas clave de biodiversidad, más de 3,000 personas con capacidades fortalecidas para la conservación, y más de 300,000 nuevas has creadas para la conservación. Un logro importante que sienta un precedente no solo para Ecuador, sino para toda la región fue la creación, a través del Acuerdo Ministerial Nro. MAAE-2020-0019, de la normativa técnica para los “Lineamientos y criterios técnicos para el diseño, establecimiento y gestión de los corredores de conectividad”. Esto significó la creación del Corredor de Conservación Sangay-Podocarpus, considerado como una nueva área de intervención para la siguiente fase de CEPF en Ecuador.
Entre los principales logros, se puede destacar el proceso de fortalecimiento de capacidades para el Hotspot. RIT-Ecuador lideró el fortalecimiento de capacidades de las organizaciones socias de CEPF en los cuatro países del Hotspot. Esto involucró todo el proceso de diseño de un curso virtual de tres meses, hasta el trabajo coordinado con BYOS y la Universidad Andina Simón Bolivar para su implementación. Este esfuerzo se enfocó principalmente en fortalecer las capacidades para mejorar la planificación y el manejo técnico de los proyectos de conservación y la gestión de los recursos financieros. El curso tuvo un total de 102 participantes repartidos equitativamente en los cuatro países: Bolivia 28 participantes de 16 organizaciones, Ecuador: 22 participantes de 13 organizaciones, Colombia 29 participantes de 22 organizaciones, y Perú 25 participantes de 12 organizaciones.